Les collections permanentes en font un des plus riches musées de Province avec des oeuvres majeures de la peinture française du XVIè au XXè Siècle et des différentes écoles hollandaise, flamande et italienne. Depuis 1984 le musée a en dépôt huit tableaux de Cézanne. Les salles d'archéologie permettent de découvrir les origines d'Aix et la civilisation celto-ligure d'Entremont.